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番茄起源中心是南美洲的安第斯山地帶。在秘魯、厄瓜多爾、玻利維亞等地，至今仍有大面積野生種的分布。番茄屬分為有色番茄亞種和綠色番茄亞種。前者果實成熟時有多種顏色，后者果實成熟時為綠色。番茄屬由普通栽培種番茄及與栽培種番茄有密切關系的幾個種組成，大體上又分為普通番茄和秘魯番茄兩個復合體種群。普通番茄群中包括：普通番茄、細葉番茄、奇士曼尼番茄、小花番茄和奇美留斯凱番茄、多毛番茄；秘魯番茄群中包括智利番茄和秘魯番茄。

栽培番茄的祖先是櫻桃番茄。墨西哥較早馴化栽培，1523年，番茄由墨西哥傳到西班牙、葡萄牙，1550年前后傳到意大利，1575年相繼傳到英國和中歐各國，當時作為觀賞植物。18世紀中葉始作食用栽培。1768年米勒作出植物學描述，進行分類和定名。17世紀傳入菲律賓，后傳到其他亞洲國家。中國栽培的番茄從歐洲或東南亞傳入。清代汪灝在《廣群芳譜》的果譜附錄中有“番柿”：“一名六月柿，莖似蒿。高四五尺，葉似艾，花似榴，一枝結五實或三四實。.......草本也，來自西番，故名”。由于番茄果實有特殊味道，當時僅作觀賞栽培。到20世紀初，城市郊區始有栽培食用。中國栽培番茄是從50年代初迅速發展，成為主要果菜之一。